Karanlık Günler

Vault 46 tarihinin en önemli dönemine verilen genel isimdir. Vault 46 bilinmeyen nedenlerle kapılarını açmış ve dış dünya ile bağlantıya geçmiştir. Bu dönemde dış dünyada, Vault kapalıyken yaşanan olaylar konusunda bilgi alınmış ve değerlendirilmiştir. Bir çok Vault vatandaşının dışarı çıktığı tahmin edilmektedir. Ayrıca Vault 46'nın içerisinde listelerde olan ve bulunması gereken yüksek teknoloji birçok malzeme de şu anda bulunmadığından, bu dönemde dışarıya çıkarıldığı veya çalındığı tahmin edilebilir.

Kapıların tekrar kapanması ve Vault 46'nın tekrar kendi kaynaklarına geri dönmesi Karanlık Günleri denilen dönemi bitirir. Kapının nasıl tekrar kapandığı açık olmasa da, çocuklara anlatılan hikayeler bir grup Vault vatandaşının kahramanca kapıların tekrar güvenli kapanmasını sağladığını anlatmaktadır.

Kapıların ne kadar süreyle açık kaldığı veya o dönemde tam olarak neler yaşandığı bilinmemektedir. Bu dönemi bilen ve yaşayan hayattaki tek kişi Overseer Gary Coffey II'dir.